寶寶出生之前處於無菌環境當中，出生之後會從外界獲得腸道菌羣。若是自然分娩，從產婦的陰道、肛門附近就可以獲得出生第一菌，剖腹產則缺少通過產道的這一步。那麼剖腹產寶寶如何建立腸道菌羣？
母乳餵養很重要，母乳當中有促進優勢腸道菌繁衍的營養成分，通過母乳餵養，刺激有益菌種生長，可以讓寶寶擁有好的免疫系統，還有代謝系統。若是寶寶身體缺乏雙歧桿菌，就容易導致身體肥胖的可能性增加，雙歧桿菌就是有益菌，母乳質量會影響到菌羣活性，所以一定要注意保證母乳的質量。
添加輔食對建立腸道菌羣也有幫助，寶寶成長到六個月以後，就可以吃輔食了，可以保證寶寶身體需要的營養。寶寶腸道菌羣變得會多樣化。吃輔食需要少量添加，然後慢慢的增加種類，科學健康的去餵養。添加輔食一段時間之後，可以去醫院做腸道微生物檢查，看改善程度。
抗生素會對腸道菌羣造成很大的破壞，會出現不良反應。寶寶的菌羣還沒有發育成熟，大概會影響6到12個月的腸道菌羣，可能會導致成年之後肥胖，過敏等。因此家長不要擅自給寶寶用抗生素藥物，以免影響腸道菌羣。
