一般來說，藥物都有其功效一面，也會帶有一定的副作用。當然，如果要了解一種藥物的副作用的話，也是可以從兩個方面來看：一是組成的成分本身的藥性所含有的副作用，二是從組成的成分的融合後所有可能產生的副作用。
柴胡舒肝丸是以茯苓、麩炒枳殼、酒白芍、甘草、豆蔻、醋香附、陳皮、桔梗、姜厚朴、炒山楂、防風、炒六神曲、柴胡、黃芩等中藥製成，而這些中藥幾乎沒有副作用。而從另外一個方面來看，這些中藥搭配之後也是比較合理的，幾乎沒有產生新的副作用。因此，服用柴胡舒肝丸的副作用是幾乎沒有的。如果是對症下藥的話，一般來說不會對身體造成傷害。
然而，即使柴胡舒肝丸沒有副作用，如果是服用的話，還是需要把握好用法用量。雖然該藥物有鎮痛作用，但是如果是長期或過量服用，容易產生藥物依賴。
