有些人認爲腹瀉一定是胃腸道細菌感染，所以一旦腹瀉使用抗生素治療，如黃連素、慶大黴素、環丙沙星、氟沙酸等。濫用的結果是引起不同程度的胃腸道副作用，如噁心、嘔吐、食慾不振，甚至影響肝臟、腎臟和造血功能，其中廣譜抗生素引起的胃腸道副作用較爲嚴重。據專家介紹，痢疾和部分大腸桿菌感染引起的腸炎確實是細菌感染，治療時應使用抗菌藥物。然而，腹瀉並不一定是由胃腸道細菌感染引起的，如腹部感冒引起的腸蠕動加速；對乳製品、魚、蝦等食物過敏引起的腸道過敏反應；這種腹瀉沒有細菌感染。
還有一些腹瀉，如嬰兒秋冬腹瀉，成人和兒童夏季"流行性腹瀉"黴菌性腸炎通常不屬於細菌感染。其中，嬰幼兒秋冬腹瀉和夏季腹瀉"流行性腹瀉"它是由病毒感染引起的，黴菌性腸炎是由一種與各種普通細菌特徵完全不同的黴菌引起的。
由於病原體不同，治療方法不應完全相同，不得隨意服用抗菌藥物，而應及時就醫。
