綠豆芽不熟時，少量食用通常不會引起中毒反應。如大量食用可能會出現中毒反應，還會影響營養的吸收。
生綠豆芽和生黃豆芽一樣，都含有胰蛋白酶抑制劑、皁甙等物質，經加熱烹飪後，胰蛋白酶抑制劑會被滅活，皁甙會進入湯水中，不會引起不良反應。但吃不熟的綠豆芽或生綠豆芽，使胰蛋白酶抑制劑和皁甙進入腸胃系統，會刺激腸胃黏膜。如只是少量食用，對胃腸黏膜的刺激性較小，腸胃功能較好者通常不會出現明顯不適症狀。如腸胃功能較差或大量食用不熟的綠豆芽，對腸胃黏膜刺激性較大，常會出現噁心、嘔吐、腹脹等不適症狀。
生綠豆芽中含有抗凝血素、生物鹼、胰蛋白酶抑制等物質，屬於抗營養成分的物質，食用不熟的綠豆芽，使上述物質大量進入體內，不利於營養吸收。
