導致小兒發生慢性腹瀉的原因主要是因爲腸道菌羣失衡，因爲新生兒菌羣尚未形成，如果在受到細菌、病菌和真菌等多種致病菌感染後，濫用抗生素的話，就容易引起慢性腹瀉。另外，長期營養不良、乳糖不耐受和餵養不當的話，也容易造成小兒出現慢性腹瀉的情況。
小兒因身體抵抗力較弱，所以一旦出現腹脹、消化不良等異常症狀，都會讓家長們特別擔心。而長期腹瀉，不僅會影響患兒的食慾，還可能造成營養不良的情況發生，這會直接妨礙小兒的正常發育。而想要控制腹瀉，首先要明確病因，那小兒慢性腹瀉的原因有哪些？
1、腸道菌羣失衡
小兒容易出現慢性腹瀉，還和腸道菌羣失衡有關。正常情況下，腸道內益生菌羣能刺激細胞分化，從而對入侵的微生物有抵抗作用。但是新生兒菌羣尚未形成，如果平時也有濫用抗生素的習慣，那麼腸道菌羣失調會更加嚴重，最終就會造成消化功能紊亂以及慢性腹瀉發生。
2、營養不良
部分患兒出現慢性腹瀉，是因爲先天性消化功能差所引發的營養不良。而長期營養不良不但會造成腸道易過敏，還會阻礙受損腸上皮細胞的修復，從而使腹瀉的病程延長。而反覆的過敏刺激會讓腸粘膜免疫功能下降，進而讓腹瀉的情況愈發嚴重。
3、餵養不合理
如果是十八個月以內的小兒出現腹瀉，多是因乳糖不耐受所致。而部分家長並不瞭解緣由，還盲目的繼續喂服牛奶及其他過敏食物，不當的餵養也是導致小兒出現慢性腹瀉的主要原因之一。
4、各種感染因素
當小兒腸道內受到細菌、病菌、寄生蟲等多種致病菌後，也容易引發腹瀉。另外，如果中耳炎、肺炎、皮膚感染等疾病發生後未能及時控制，而導致感染下行，也會使消化功能紊亂，進而出現腹瀉的情況。
5、其他原因
長期有嚴重營養不良的情況，或者是持續性的受到病毒感染，以及患有獲得性免疫缺陷綜合症的患兒，也都容易出現慢性腹瀉的症狀。
