很多功能性消化不良的患者發覺自己的症狀與慢性胃炎十分相似，想知道二者之間關係如何。從功能性消化不良與胃炎的相關研究資料看到，在診斷爲功能性消化不良的患者中，30%～50%伴有慢性胃炎。
但其炎症病變程度與功能性消化不良症狀輕重並不平行，而且不少“慢性胃炎”患者通過改善運動功能，如給予促動力藥，症狀可明顯改善甚至消失。鑑於上述情況，目前國內外有學者主張將內鏡下診斷並經組織學證實的胃炎納入本病的範疇。然而到目前爲止，慢性胃炎與本病是否屬不同命名的同一疾病仍在爭論之中。
內鏡下將慢性胃炎分爲非萎縮性(淺表性)胃炎、萎縮性胃炎兩大基本類型。國內學者重視輕度黏膜的改變，常佔80～90%。大量健康人羣普查，常存在淺表性胃炎，但臨牀上可無症狀，因而常無需治療。
而消化不良是臨牀常見的症候羣，國外成年人羣發病率均20～40%;國內有研究報道，消化不良約佔消化內科患者52，6%，其中一半以上是功能性消化不良。臨牀上常見到一部分治療有效的慢性淺表性胃炎或萎縮性胃炎病例，治療後複查胃鏡，其鏡下及病檢結果與治療前相比無明顯變化。這就提示我們有症狀的輕度慢性胃炎和功能性消化不良可能屬等同概念。
因此臨牀上醫生一定要向病人解釋清楚，慢性淺表性胃炎或萎縮性胃炎屬鏡下診斷，而臨牀診斷爲功能性消化不良。症狀改善即達到目的，避免病人爲追求慢性胃炎的治癒而無謂的服用大量市售所謂“治療胃炎”的藥物，造成藥物及經濟的浪費。
