熟黃芪最常見的副作用就是迅速出現“上火”症狀，例如面紅、心煩、睡眠差或失眠、咽痛、血壓升高或頭暈等，甚至使病情加重或逆轉病勢。
臨牀上，一般人經常單獨使用黃芪進補或一次性大量進補，那是沒病找病或加重疾病的危險行爲。使用黃芪進補，一般要由少逐漸增加，邊服邊觀察有無上火的表現或身上原有疾病有無加重或是否出現悶、痛的感覺，一旦有則應停用或配藥才能用。如果乏力、多汗或氣喘等症狀減輕，精神和體力改善而又無上述副作用，可增加用量。
更安全的辦法則是先用黨蔘，有效而無副作用後再加用或改用黃芪，使用黃芪時採用逐步加量的辦法，以身體能耐受而無副作用爲度。最安全的辦法是配方使用。
腎病、陰虛，溼熱、熱毒熾盛者用黃芪一般會出現毒副作用，應禁用。因爲陰虛患者服用黃芪會助熱，易傷陰動血；而溼熱、熱毒熾盛的患者服用容易滯邪，使病情加重。如果必須服用黃芪，一定要配伍運用。
陰虛的表現具體有：手足心熱、口咽乾燥、腰痠腰痛、潮熱盜汗、失眠多夢、舌質紅無苔、脈細數等。溼熱的表現：有口苦、口乾、舌苔黃膩等。熱毒熾盛的表現：有各種化膿性感染，如痤瘡感染、咽部感染、腹膜炎等，表現爲滿面通紅、咽紅、咽乾、咽痛、口苦口乾、脣舌紅絳、舌苔黃燥、脈滑數等。
