首先，要清楚所謂轉基因食品就是移動動植物的基因並加以改變，製造出具備新特徵的食品種類。而轉基因大豆主要是把某些細菌的基因接入大豆的植株中，就可以更好地保護它們不受害蟲的侵襲。因此轉基因大豆的製品——轉基因大豆油從營養成分含量和組成與非轉基因大豆油幾乎沒有差別，也就致使油脂加工企業在這方面常常不做說明或避而不談轉基因大豆油的隱患。其次，要清楚轉基因食品的確存在這以下五大隱患：
一是毒性問題。一些研究學者認爲，對於基因的人工提煉和添加，可能在達到某些人們想達到的效果的同時，也增加和積聚了食物中原有的微量毒素。
二是過敏反應問題。對於一種食物過敏的人有時還會對一種以前他們不過敏的食物產生過敏。
三是是營養問題。科學家們認爲外來基因會以一種人們目前還不甚瞭解的方式破壞食物中的營養成分。
四是對抗生素的抵抗作用。當科學家把一個外來基因加入到植物或細菌中去，這個基因會與別的基因連接在一起。人們在服用了這種改良食物後，食物會在人體內將抗藥性基因傳給致病的細菌，使人體產生抗藥性。
五是對環境的威脅。在許多基因改良品種中包含有從桿菌中提取出來的細菌基因，這種基因會產生一種對昆蟲和害蟲有毒的蛋白質，生態學家們認爲那些不在改良範圍之內的其它物種有可能成爲改良物種的受害者，生物學家們則擔心爲了培養一些更具優良特性，其特性很可能會通過花粉等媒介傳播給野生物種。
