乙肝病毒感染可引起乙型肝炎相關腎炎。使用抗病毒藥物治療不僅可以有效地抑制乙肝病毒複製，阻止肝病進展，而且也是治療乙型肝炎相關腎病不可缺少的措施之一。另一方面，腎病患者、腎移植患者需要免疫抑制劑治療，免疫抑制劑是導致乙肝病毒再活動的重要原因之一，理論上應該在治療前一個月開始抗病毒治療，在用完最後一次免疫抑制藥物後還要繼續治療12個月以上。
干擾素不良反應較多，慢性腎病的患者(尤其是血液透析患者和腎移植患者)對干擾素的耐受性很差，相對療效也較差，安全性數據較少，且易導致腎移植患者出現急性排異反應，近年來已被核苷(酸)類藥物取代。
乙肝病毒感染的慢性腎病患者抗病毒治療首選恩替卡韋，因爲恩替卡韋的抗病毒作用較強，耐藥屏障較高，對腎臟影響較小。低病毒複製的乙肝病毒感染者(HBV DNA<106 IU/ml)也可以選用替比夫定治療，因爲替比夫定有改善腎小球濾過率的報道，但要警惕耐藥的發生。對於經治耐藥的患者可以選擇替諾福韋酯治療，治療期間嚴密監測腎功能。
核苷(酸)類藥物在體內的清除主要是通過腎小球濾過和腎小管主動分泌，經腎臟排泄的。腎功能不全和血液透析的病人對藥物代謝的速度減慢，需根據患者的肌酐清除率調整藥物的劑量。
肌酐清除率受年齡、體重、性別和血清肌酐水平4種因素的影響。老年人和低體重患者無論血清肌酐是否異常，都應注意肌酐清除率的計算。透析患者的服藥時間應選擇在透析之後。
HBsAg陽性的腎移植患者應在移植前預先使用核苷(酸)類藥物抗病毒治療，在腎移植後應繼續使用核苷(酸)類藥物治療，防止移植後乙肝病毒再活動和肝病進展。需要注意的是，在腎移植前的透析治療期間每週給藥1次;而腎移植後，腎功能恢復正常，則應恢復正常的給藥劑量，以免藥物用量過低而導致病毒耐藥。
