對於留守兒童而言，多數時間還是在學校度過的。所以加強學校的管理和監督機制，採用合適的心理輔導方法尤爲重要。
首先，作爲學校應該充分利用假期、召開留守學生家長會，與家長廣泛交流，使學校內外對留守兒童的心理影響產生合力效應；重視留守兒童的思想道德建設，利用生動有趣的課外活動，不斷提高他們法制道德觀念，培養健康積極向上的心理狀態；強化留守兒童心理健康教育，在留守學生人數衆多的學校，建議成立心理諮詢輔導中心，開展心理衛生調查、開設心理輔導活動課程，幫助指導他們解決各種困惑和疑難，對其顯性和隱形的心理壓力進行疏導，引導他們走過人生的關鍵時期，幫助其和諧健康發展。
其次，作爲老師，應當多采用家訪的形式，特別是那些留守學生，深入的瞭解他們的生活狀況和心理動態，針對性的進行心理輔導；同時，在班上應該鼓勵和支持這類學生多發言，對於其取得的成績給予公開的表彰，讓其產生自信的心理。還要提倡同班同學多與他們交流，一起學習，一起玩耍，改善孤僻、內向等性格。
最後，從同學的角度上，採用“一對一”的幫扶制度。要讓同學們互相幫助，有什麼心裏想法可以相互之間交流。同齡人之間是沒有什麼顧忌的，也只有這樣：相互影響、相互學習，才能促進共同進步，幫助那些留守學生找到自己的位置，恢復往日活潑開朗的本性。
