雖說臭豆腐有寒中益氣，和脾胃的功效，也有預防老年癡呆症的作用；但是不得不引起重視，研究證明，豆製品在發酵過程中會產生甲胺、腐胺、色胺等胺類物質以及硫化氫。它們具有一股特殊的臭味和很強的揮發性，多吃對健康並無益處。
此外，胺類物質存放時間長了，還可能與亞硝酸鹽作用，生成強致癌物亞硝胺。除了致癌之外，臭豆腐還可能引起人體的胃腸道的疾病。臭豆腐在發酵過程中，會揮發大量鹽基氮，有一種叫“肉毒梭菌”的毒菌，常會隨臭豆腐的製作而繁衍其中，而肉毒桿菌是一種致命病菌，在繁殖過程中分泌毒素，是毒性最強的蛋白質之一。人們食入和吸收這種毒素後，神經系統將遭到破壞，出現頭暈、呼吸困難和肌肉乏力等症狀。腸胃不好的儘量不要吃，而且臭豆腐一次不要吃得太多，以免引起胃腸道疾病。
