衆所周知，黴菌的種類繁多，但是能產生毒素並能讓人致癌癌的黴菌卻只是少數，如黃麴黴菌在一定條件下可產生黃麴黴毒素，其易感食品爲花生、玉米及棉籽等。黃麴黴毒素爲強致癌物，對人體的靶器官主要是肝臟，可致人肝癌。而在黴菌中，還有一些是可供人食用的，如用於豆腐發黴的黴菌是一種食用菌，這種黴菌不會使人致癌。
由於製作過程所加輔料不同，腐乳又有白、紅、青之分。白色腐乳不加任何輔料，呈本色；紅色腐乳加紅曲，呈紅色；青色腐乳也叫臭腐乳，在醃製過程中加入了苦漿水、鹽水，呈豆青色。其中以紅腐乳的營養價值最高。紅曲是用紅曲黴真菌接種於大米上經發酵製備而成，紅曲中含有洛伐他丁對降低血壓和血脂具有重要意義。.臭腐乳發酵後易被微生物污染，所以不可多吃。
需要注意的是腐乳含鹽和嘌呤量普遍較高，高血壓、心血管病、痛風、腎病患者及消化道潰瘍患者，宜少吃或不吃，以免加重病情。還有，臭腐乳發酵後，容易被微生物污染，豆腐坯中的蛋白質氧化分解後產生含硫的化合物。如果吃太多的臭腐乳，將對人體產生不良作用，影響身體健康。
