臭豆腐品種多樣，不同地區有不同的臭豆腐，而且製作工藝也有較大差異。現在臭豆腐的種類主要有三種：長沙臭豆腐、紹興臭豆腐、北京王致和臭豆腐。另外，在臺灣地區也有一種比較特別的臭豆腐。
長沙臭豆腐：長沙臭豆腐是目前最著名、影響力最大的臭豆腐，全國各地都可以看到打着長沙臭豆腐招牌的攤檔，其中以長沙火宮殿的臭豆腐最爲正宗。長沙臭豆腐是黑色的，淋上辣椒、蒜之類的醬汁，風靡全國。
紹興臭豆腐：紹興臭豆腐是用黴覓菜梗製成的滷汁做成的，沒有了黑黑的顏色，經過油炸之後呈金黃色，賣相非常好。吃的時候蘸上辣椒醬或黃豆醬之類的醬汁。
王致和臭豆腐：王致和臭豆腐明顯有別於長沙和紹興的臭豆腐，因爲它準確地說屬於腐乳，裝在玻璃瓶中出售，是絕對不能油炸的，一般是用來蘸饅頭和大餅。
另外，在臺灣地區有一種臭豆腐叫深坑臭豆腐，它是一大塊兒，不油炸，聞起來有酸臭味，吃起來酸酸的，味道很特別，口感和老豆腐差不多。它直接就可以作爲一道菜，十分下飯。此外，臺灣還有以臭豆腐爲底料的火鍋，名爲臭臭鍋，有機會去臺灣旅遊的朋友記得品嚐一下。
