轉基因大米和非轉基因的大米最大的區別在於其基因片段上的區別，區別轉基因大米和非轉基因的大米最直接有效的方法就是通過實驗來鑑定。可是作爲普通的消費者很多根本沒有條件進行實驗來鑑定轉基因。消費者一般只能憑植物肉眼可見的性狀或購買產品時的外觀來區別。從理論上講，轉基因大米與非轉基因大米的區別只能是在目標性狀上的差異，這與具體轉什麼基因有關係。到目前爲止，獲得許可證進行商業推廣的轉基因大米僅僅是轉Bt基因的抗蟲大米。
理論上講，外觀性狀上，它與普通大米的根本區別是具有高抗螟蟲的能力，其它沒有根本性差異。這種轉基因水稻種植時基本不需要噴施農藥來殺螟蟲，螟蟲吃了植株以後是要自己死亡的，而非轉基因水稻不具有這種抗蟲的能力。至於市面上出售的加工大米，消費者應當從外觀上看不出來與非轉基因水稻有什麼差異。此外，研究成功的轉基因金色稻出名，轉了3個基因後米粒裏面會積累很高的類胡蘿蔔素，因此米粒顯金黃色，這個與傳統米的白色形成鮮明對比，消費者很容易辨別，但這種金色水稻還沒有獲准商業生產。
轉基因大米和非轉基因大米的區別最明顯的就是通過實驗來比較。下面來了解下實驗的區別。
1、如果轉基因大米爲傳統的標記基因、報告基因、T-DNA區段未刪除的類型，則可以採用這些區段的通用保守引物進行基因組DNA的PCR檢測，陽性的爲轉基因的，陰性的爲非轉基因的。
2、如果轉基因大米爲新技術研究的轉基因後刪除標記基因、報告基因而只保留目標基因的類型，其實它在保留目標基因的同時仍然隨目標基因一起保留有一些T-DNA序列，因此廣泛採用多種T-DNA檢測引物進行PCR，或採用T-DNA探針進行Southern雜交即可，轉基因的爲陽性，非轉基因的始終爲陰性。
