雖然海帶綠豆排骨湯的功效十分顯著，但是我們也不可忽視它的副作用。雖然適量食用海帶可以緩解痤瘡腫痛，但吃得過量也不好。海帶中含有比較豐富的碘，如果食用海帶過多，其中所含的過量碘和碘化物會由皮脂腺排泄出來，刺激毛孔，長期可能導致毛囊周圍過度角化，引起痤瘡反覆發作，久治不愈。所以不能在排骨湯裏面放過多海帶。
而綠豆是寒涼之物，有解暑解毒之功效，但是虛寒體質不可以多用。綠豆的解毒作用源於綠豆蛋白等成分與有機磷、重金屬結合成的沉澱物。然而，這些解毒成分也會與藥物的相關成分發生反應，從而降低藥效。所以正在服用各類藥物，特別是中藥湯劑的人更要慎喝綠豆湯。
