一般黃花菜的保存時間是比較短的，如果凍藏條件下保存，口感就會很差。另外，隨着貯藏天數的增長，黃花菜的顏色，維生素C，葉綠素和還原糖等指標的變化也會導致黃花菜品質下降。那麼，黃花菜應該怎樣正確保存呢？
對於新鮮黃花菜宜用保鮮盒或保鮮袋裝起，放入冰箱冷藏保存，並儘快食用。若想長期保存黃花菜，脫水乾制是其貯藏的主要途徑。
黃花菜的乾製方法有自然乾製法和人工乾製法：
1、自然乾製法
將採摘的新鮮黃花菜包裹在塑料紙袋中，在高溫下燜曬2～3小時，然後攤在太陽下暴曬，攤曬時花蕾以儘量不要重疊爲好，每隔2～3小時翻動1次。如果天氣晴好，地面溫度在35℃左右，2天左右就可乾製好。
2、人工乾製法
先將採摘後的新鮮黃花菜放在蒸籠中，用大火燒開水後，再用小火燜2～3分鐘，當花蕾不軟不硬，顏色變淡時即可；出鍋後稍晾片刻後均勻攤在太陽下暴曬，晚上需收回，暴曬2天左右即可。
乾製好的黃花菜色澤金黃或黃褐色，味鮮微甜。無論用自然方法還是人工方法幹制黃花菜，一般待乾製花蕾變成乳白色，用手抓一把捏緊後鬆開手可散開，就表明已經乾製好。而對於幹黃花菜的保存方法如下：
幹黃花菜有很強的吸溼性，易受潮變質，爲防止黴變，應在密閉容器中保存，如用雙層塑料袋裝好後擠出空氣，紮緊密封袋口，放置在通風乾燥處保存；也可用大瓷缸存放，方法是在缸底放3釐米厚乾燥的草木灰或木炭灰，上面墊幾層潔白紙，再分層放乾的金針菜，上面蓋上稻草後密封缸口即可。
如天氣變化，應隨時檢查，防蟲蛀，黴變，以保持乾燥，黃亮，色鮮味美爲宜。
