正常製作的乾淨靈芝湯，在適量食用時並不會導致拉肚子。若出現拉肚子的症狀，有可能是製作湯的過程中食品衛生不達標，如廚房衛生髒亂，導致湯裏進入了其他物質，誘發了急性腸胃炎，導致拉肚子；也可能是機體本身因着涼或進食了其他不衛生的食物，處於胃腸道敏感期，喝靈芝湯後出現拉肚子的情況。
靈芝中富含大量多糖、氨基酸、生物鹼、腺苷、纖維素及微量元素等營養物質，適量食用可爲機體提供大量營養，還可輔助降糖、降脂，適量食用也無明顯不良反應。但如果食用過量，可能會引起消化不良，導致腹脹、拉肚子的情況，通常可自行緩解，必要時可使用藥物進行治療。
若出現長時間拉肚子不止時，機體水分大量丟失，易出現水、電解質紊亂，建議不要再喝靈芝湯，需注意補充水分，保持機體水、電解質平衡，同時還可以服用止瀉藥物如蒙脫石散、鞣酸蛋白、鹽酸洛哌丁胺等進行止瀉。
