1、擂辣椒皮蛋不可大量食用，否則會引起神經系統損傷，消化道潰瘍，甚至會引起細胞生化反應混亂而演變成腫瘤。同時，患有食道炎、喉嚨炎、牙痛、痔瘡、肺結核、高血壓者少吃爲宜。
2、若過多食用擂辣椒皮蛋，會劇烈刺激胃腸黏膜，引起胃痛、腹瀉並使肛門燒灼刺疼，誘發胃腸疾病，促使痔瘡出血。
3、皮蛋含鉛量高，經常食用會造成重金屬鉛在人體中的積存，影響健康，因此擂辣椒皮蛋少吃爲宜。
4、皮蛋在醃製、運輸、銷售、存放過程中，極易受到各種細菌的污染，特別是沙門氏桿菌的污染。該細菌隨皮蛋進入人體後，會在腸結膜上引發炎症，菌體裂變後會產生毒性很強的內毒素，致使食用者出現中毒症狀。因此，製作擂辣椒皮蛋時，應選用新鮮、無破損、無異味的皮蛋。
