雖然穿心蓮有很多的功效，但是還是有需要注意的地方。特別是孕婦和小孩子，食用帶有藥效的菜餚要特別注意。因爲穿心蓮有終止妊娠的作用，所以懷孕的人最好不要食用穿心蓮。其抗生育作用的機制與其具有抗孕德素作用和直接損傷絨毛細胞有關，因此，在平常飲食中應該多加註意。
除了孕婦不能吃穿心蓮外，陽虛症及脾胃虛弱者也要少服用穿心蓮。因爲穿心蓮具有清熱解毒的功效，是屬於比較寒涼的食物，所以脾胃虛弱者最好不要食用。能夠食用穿心蓮的人也不要大量食用穿心蓮。因爲穿心蓮本身帶有微量的毒性，適量的攝入對人體有幫助，但大量食用就會導致中毒。因此切記不能大量食用，並且食用穿心蓮之前，也要確認一下自己有沒有過敏現象。
