金針菇並非人人皆宜。傳統醫學認爲，金針菇性寒，脾胃虛寒、慢性腹瀉的人應少吃;關節炎、紅斑狼瘡患者也要慎食，以免加重病情。
網上有傳言說新鮮金針菇有毒，且說這種有毒物質是“秋水仙鹼”，人吃後對腎臟影響甚大，甚至在電視節目裏也宣傳這種觀點。但其實只要是在正常環境條件下規範生產的金針菇，只要在生產加工過程中不添加有害物質，無論是新鮮的還是乾的，都沒有毒。根據國家對金針菇檢測的12個指標，未發現金針菇含有秋水仙鹼有毒物質。
有些媒體說新鮮金針菇有毒，估計有可能是把金針菜(黃花菜)當作金針菇，因爲新鮮的金針菜的確含有有毒的秋水仙鹼，一定要曬乾後才能食用。金針菇與金針菜是兩種食物，前者來自菌類，後者來自植物。
