都說有利就有弊，世間萬物是矛盾的綜合體，卵磷脂既然有着以上諸多功效，必然就會有這副作用。卵磷脂的副作用主要有以下這些：
1、卵磷脂的主要副作用是過敏，因此有過敏史的患者建議不用使用卵磷脂。
2、卵磷脂中的膽鹼對脂肪有親和力，但是若體內膽鹼不足，則會影響脂肪代謝，造成脂肪在肝內積聚，形成脂肪肝甚至會發炎腫脹。
3、卵磷脂是腦組織重要的構成物質之一。大腦的思維活動是通過腦神經細胞之間的特定聯繫完成的，這種特定聯繫以乙酰膽鹼爲基礎。如果缺少乙酰膽鹼，這種聯繫就會減弱，大腦將會出現思維能力減退、記憶力下降，甚至喪失記憶等嚴重問題。
4、不恰當地服用卵磷脂不僅不會發揮卵磷脂的功效，還會引起相關的副作用，因此必須按照說明方法來正確服用。
