蒸南瓜雖然美味但是也有一些食用禁忌要注意。
在搭配方面，南瓜與醋相剋這是由於同食的話，醋含有的醋酸會破壞南瓜的營養成分；再者南瓜不能與螃蟹、鯉魚同食，否者會引起嘔吐、眩暈和腹痛、腹瀉等食物中毒現象；由於南瓜還有一定量的維生素C分解酶，這也就使得南瓜不宜與含維生素C豐富的蔬菜一起搭配，比如紅棗、番茄、菠菜、白菜、、油菜、椰菜等等，但是南瓜含有的維生素C分解酶在高溫下會失活，所以南瓜最好是蒸熟吃避免破壞其他食物的營養素；《本草綱目》記載：“南瓜不可與羊肉同食，令人氣壅。”南瓜補中益氣與羊肉的大熱補虛相剋同食則令人腸胃氣壅，所以要避免與羊肉同食；還有一點蝦也是不能和南瓜搭配的，一起食用會造成痢疾，萬一誤食，可以用黑豆和甘草來解毒。
一般來說南瓜適宜大衆食用，特別適合老年人、糖尿病患者、肥胖人羣和便祕患者，胃病患者也可以適量食用，但是每次最好不要超過200克的量。但是由於南瓜性溫，胃熱熾盛者、氣滯中滿者、溼熱氣滯者要少吃，患有腳氣、黃疸、氣滯溼阻病者也是要避免食用南瓜。
