山楂不恰當的吃法也會導致人體產生一些副作用，如造成胃痛、結石。山楂最常見的食用方法是泡水喝，不過如果在空腹的情況下，尤其是在飢餓的情況下食用山楂，會令胃部產生漲漲的感覺，會導致胃痛。山楂中的柔軟和胃酸結合容易形成結石，很難被消化，因此不能在空腹的情況下食用山楂。
山楂製成的零食也不能多吃，例如冰糖葫蘆、山楂片以及山楂糕等，小朋友吃多了容易齲齒。這些甜品或零食中含有糖分太高，老年人原本吃山楂能起到強心臟降血脂的作用，但是食用這些山楂製品反而會有反效果。因此在食用山楂之前要確保自己的肚子有“料”，避免空腹食用山楂或者喝山楂水等。
