未成熟的番茄中含有大量的特殊有毒物質，這種特殊的毒素爲番茄鹼，微量的番茄鹼對人體的影響不是很大，但是如果食用過多，就會導致中毒的情況。中毒症狀：疲乏無力，並且有噁心想吐的感覺，這是比較輕的中毒症狀，如果嚴重的話是可以危及生命的。
空腹時胃酸分泌量增多，因番茄所含的某種化學物質與胃酸結合易形成不溶於水的塊狀物，食之往往引起腹痛，造成胃不適、胃脹痛。
不宜長時高溫加熱。因番茄紅素遇光、熱和氧氣容易分解，失去保健作用。因此，烹調時應避免長時間高溫加熱。
不宜和青瓜，黃瓜同食。青瓜含有一種維生素C分解酶，會破壞其他蔬菜中的維生素C，番茄富含維生素C，如果二者一起食用，達不到補充營養的效果。
不宜吃未成熟的青色番茄。因含有毒的龍葵鹼。食用未成熟的青色番茄，會感到苦澀，多吃了，嚴重的可導致中毒，出現頭暈、噁心、周身不適、嘔吐及全身疲乏等症狀，嚴重的還會發生生命危險。
番茄排骨湯不宜和海鮮同吃，量過多易中毒。
