製作柚子皮蜜餞最重要的是在選料上，最好選用泰國金柚的柚皮。因爲泰國金柚的皮比較厚，而且潔白，香氣又濃郁；如果用未成熟的廣西沙田柚皮的話，那就更好了，柚皮更厚、香氣也更濃，那可是難得的好材料。
有了柚子皮，先削去青黃的表皮，這層表皮硬且澀，不能吃，留下白色的“棉絮”內層。接着用滾水將柚子皮滾10分鐘（筷子能捅穿即可），然後撈起，用清水泡浸一個晚上，等第二天撈起擠幹水分，再用清水浸泡，注意要做幾個來回，待把柚子皮中的青澀味去掉後，就將其切成塊狀。
柚子的第一層是柚子皮，這是柚子祛痰鎮咳的精髓所在，然後是柚子皮和柚子果肉之間的白瓤，這是柚子最苦的地方，所以在製作柚子皮蜜餞的時候可以根據自己的口味取捨，或者是在製作過程中多加一些糖。
