紫草具有非常豐富的藥用價值，最主要的藥用價值主要體現在一下幾個方面中。
①避孕作用：紫草根（日產）乙醇提取液100毫克/100克、30%紫草根粉末混合食喂飼動物均可抑制大鼠動情期，根中提出的色素則無效。雲南產紫草50%的糖漿劑，給予小白鼠口服1個月，能明顯抑制其動情期，停藥2個月後可恢復；並能抑制小鼠盛譽率。正常小鼠連續口服紫草兩個月，卵巢明顯減輕，子宮及垂體則輕微減輕，但對其他內分泌腺如甲狀腺、腎上腺的重量無明顯影響。國外所產路邊紫草50%的醇浸出掖，能降低小白鼠的生育率，使正常小白鼠的動情間期延長，如再注射雌酮或促性激素仍可引起動情期；對未成熟的雄性或雌性小鼠，可引起性器官、胸腺、垂體重量減輕，生長髮育延緩，此有效成分大部分在花、種子、葉、根中。其作用原理爲抑制了腦下垂體促性腺激素的形成，特別是抑制了黃體生成素，也可能是它使上述激素直接失去活性，即所謂滅能的作用。
②抗菌、抗炎作用：紫草對京科68-1病毒試管內有抑制作用，對金黃色葡萄球菌、靈桿菌亦能抑制。前蘇聯產紫草的酊劑對化膿菌、大腸桿菌有抑制作用。並能加速上皮生長以及治療燒傷。局部應用可促進創傷癒合。紫草根與當歸製成之紫雲膏比單味藥效果好。紫草水煎劑對小白鼠結核病有一定療效。但對豚鼠無效。用平皿法試驗能抑制多種真菌。紫草膏可用於顏面癬。
③對循環系統的影響：新疆軟紫草（太原市購得，品種未確定）煎劑對健康家兔及蟾蜍之離體或整體心臟，皆有明顯的興奮作用，此作用與煎劑中含鈣有關。在全身麻醉下靜脈或肌肉注射此煎劑，能使近半數動物（兔、犬、貓）血壓急劇下降，甚至死亡，但不麻醉或口服者無此嚴重反應。對蟾蜍內臟血管及兔後肢、離體兔耳灌流皆無影響。
④抗腫瘤作用：據報道，紫草根對絨毛膜上皮癌及惡性葡萄胎有一定的療效。用美藍試管法初篩，紫草根對急性淋巴細胞白血病有極輕度的抑制作用。紫草可減少（鼠）自發性乳癌的發病率。
⑤其他作用：新疆軟紫草煎劑對兔有緩和的解熱作用，對家兔離體子宮及小腸平滑肌有不恆定的興奮作用，口服煎劑能加強小腸的緊張性與收縮，靜脈注射則無此反應。紫草葉提取物可使兔血糖下降，增加豚鼠腸管張力，對大鼠無利尿作用。
