腐乳和豆豉以及其他豆製品一樣，都是營養學家所大力推崇的健康食品。它的原料——豆腐乾本來就是營養價值很高的豆製品，蛋白質含量達15%～20%，與肉類相當，同時含有豐富的鈣質。所以孕婦是可以適當進食一些豆腐乳的。
腐乳的製作過程中經過了黴菌的發酵，使蛋白質的消化吸收率更高，維生素含量更豐富。因爲微生物分解了豆類中的植酸，使得大豆中原本吸收率很低的鐵、鋅等礦物質更容易被人體吸收。同時，由於微生物合成了一般植物性食品所沒有的維生素B12，素食的人經常吃些腐乳，可以預防惡性貧血。
腐乳的原料是豆腐乾類的“白坯”。給白坯接種品種合適的黴菌，放在合適的條件下培養，不久上面就長出了白毛——黴菌們大量繁殖起來啦。這些白毛看起來可能有些可怕，實際上卻大可不必擔心，因爲這些菌種對人沒有任何危害，它們的作用只不過是分解白坯中的蛋白質、產生氨基酸和一些B族維生素而已。對長了毛的白坯進行搓毛處理，最後再鹽漬，就成了腐乳。
但值得注意的是，腐乳含鹽和嘌呤量普遍較高，高血壓、心血管病、痛風、腎病患者及消化道潰瘍患者，宜少吃或不吃，以免加重病情。此外，臭腐乳發酵後，容易被微生物污染，豆腐坯中的蛋白質氧化分解後產生含硫的化合物。如果吃太多的臭腐乳，將對人體產生不良作用，影響身體健康。
